Me acaba de hacer esta pregunta alguien que leyó mi otro artículo relacionado con WooCommerce y encontró un par de posibles soluciones. Aquí están, en caso de que te estés preguntando lo mismo.
Ajuste completo de la plantilla
Si necesita modificar completamente el diseño HTML del correo electrónico, deberá copiar las plantillas de correo electrónico de la carpeta del complemento para su custodia. Esto protegerá sus cambios para que no se sobrescriban cuando actualice el complemento.
Copie woocommerce/templates/emails/* a su tema/woocommerce/emails/*
Puede copiar las plantillas que desee ajustar, luego simplemente edite los contenidos como desee. Por ejemplo, en customer-completed-order.php, podría colocar su CSS personalizado en la parte superior como de costumbre entre algunas etiquetas