Esta es una pregunta algo duplicada (consulte Cómo configurar PATH para R instalado en mi directorio), pero encontré un nuevo problema con la nueva versión de R.
Estaba intentando instalar una nueva versión de R (R 3.3.1) en mi propio directorio.
Seguí mi flujo de instalación anterior
Pero me encontré con un problema que no tenía antes.
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
parece que la versión de zlib es demasiado baja, así que instalé la versión actual de zlib
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install
luego traté de hacer la configuración para R nuevamente como:
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"
todavía tenía el mismo error:
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
Luego noté que alguien eludió el problema modificando el archivo de configuración de R
Seguí ese ejemplo, resolví el error de zlib.
pero surgieron otros errores. Para resumir,
instalé otras bibliotecas dependientes
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install
tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6
tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install
tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8
make -j3 && make install
tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"
La configuración pareció funcionar:
R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Source directory: .
Installation directory: $HOME/Programme/R-3.3.1
C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2
Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2
C++ compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=c++0x -g -O2
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:
Interfaces supported: X11, tcltk
External libraries: readline, curl
Additional capabilities: PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling
Capabilities skipped: TIFF
Options not enabled: memory profiling
Recommended packages: yes
pero cuando llamo
make && make install
todavía "hacer" no pudo hacerlo hasta el final:
...
gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `[email protected]_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status
...
make: *** [R] Error 1
Seguimiento:
Basado en la sugerencia de thrig, agregué las siguientes líneas a mi archivo .cshrc
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib
y
source .cshrc
¡problema resuelto!
Relacionado:¿Cómo hacer que `date` emita la hora desde una zona horaria diferente?Respuesta aceptada:
Esta es la solución al problema mencionado anteriormente
Siga el ejemplo para modificar el archivo de configuración de R Entonces:
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install
tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
modifique el Makefile (original:CC=gcc después de la modificación:CC=gcc -fPIC) como se sugiere aquí
make
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6
tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install
tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8
make -j3 && make install
tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"
Agregue las siguientes líneas a mi archivo .cshrc
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib
y
source .cshrc
Ahora ve al directorio R-3.3.1:
make && make install
debería funcionar.