Utilizo TextMate para piratear Flex en la computadora de mi casa (un PowerBook G4 que no puede ejecutar FlexBuilder) y no tengo problemas para escribir aplicaciones. Depende de si está tan acostumbrado a la compatibilidad con IDE que no puede vivir sin ella. Me gusta la finalización de código, la gestión de proyectos y el depurador en Flex Builder, pero puedo vivir sin él. TextMate no es gratuito, pero cualquier editor de texto que tenga coloreado de código para ActionScript me serviría.
Usualmente uso ant para administrar mis compilaciones y eso es gratis. El SDK de Flex es gratuito. Eso es todo lo que necesitas más un poco de paciencia.
Personalmente, solo tengo experiencia con la versión gratuita aplha de Flex builder para Linux basada en Eclipse. Pero debo decir que ya es bastante estable y proporciona la mayoría de las funciones que se encuentran en las versiones completas para mac osx y windows. falta el editor de interfaz gráfica de usuario para diseñar rápidamente sus formularios.
Sin embargo, si está buscando otra opción, tal vez esto le resulte útil:http://www.williabrownstreet.net/wordpress/?p=78
Aunque no es un IDE
Puede usar el complemento fb4linux para eclipse en http://code.google.com/p/fb4linux/ Funciona perfectamente en eclipse 3.6 helios, puede elegir flex 3 o flex 4 sdk y no puede reconocer este complemento con el soporte Flex Builder versión única de Adobe con luz alta, código de autocompletar... buena suerte.