Convertir páginas web de UTF-8 a ISO-8859-1 en Linux

Creo que iconv es tu respuesta...

Formulario hombre iconv:

  NAME
      iconv - Convert encoding of given files from one encoding to another

  SYNOPSIS
      iconv -f encoding -t encoding inputfile

  DESCRIPTION
      The iconv program converts the encoding of characters in inputfile from one coded 
      character set to another. The result is written to standard output unless otherwise 
      specified by the --output option.

      .....

Así que probablemente podrías hacer un

find $my_base_dir -name "*.php" -o -name "*.html" -exec sh -c "( \
   iconv -t ISO88592 -f UTF8 {} -o {}.iconv ; \
   mv {}.iconv {} ; \
)" \;

Esto buscará recursivamente los archivos con el nombre apropiado y los volverá a codificar (el archivo temporal es necesario, ya que iconv truncará la salida antes de comenzar a trabajar).

Ubuntu ha recodificado

$ sudo apt-get install recode
$ recode UTF-8..latin1 *.php

De forma recursiva, gracias a Ted Dziuba:

$ find . -name "*.php" -exec recode UTF-8..latin1 {} \;