https://superuser.com/questions/347560/is-there-a-tool-to-measure-file-difference-percentage tiene una buena solución para esto,
wdiff -s file1.txt file2.txt
más opciones ver man wdiff.
¿Algo como esto quizás?
Dos archivos, A1 y A2.
$ sdiff -B -b -s A1 A2 | wc le daría cuántas líneas diferían. wc da el total, solo divide.
Los -b y -B son para ignorar los espacios en blanco y las líneas en blanco, y -s indica que se supriman las líneas comunes.