AC_CHECK_HEADERS en realidad hace una verificación de compilación, no una verificación de existencia. Por lo tanto, debe configurar el soporte de C ++ para las pruebas de compilación para que se compilen los encabezados de impulso (el valor predeterminado es C, documentos aquí):
AC_LANG_PUSH([C++])
AC_CHECK_HEADERS([boost/foreach.hpp], [],
[AC_MSG_ERROR(You need the Boost libraries.)])
AC_LANG_POP([C++])
También hay una colección de macros Boost autoconf en GNU Autoconf Archive. Probablemente necesitará al menos AX_BOOST_BASE. También hay otras macros para las otras bibliotecas de Boost.