Usando sed para eliminar un bloque de texto

$ cat text 
abc
    <!-- BOF CLEAN -->
... a bunch of stuff
    <!-- EOF CLEAN -->
def
$ sed '/<!-- BOF CLEAN -->/,/<!-- EOF CLEAN -->/d' text 
abc
def

No puedo explicarlo mejor que Explicación de Sed One-Liners, Parte III:Eliminación selectiva de ciertas líneas y aplicaciones especiales.

Para eliminar todo el texto a partir de e incluyendo <!-- BOF CLEAN --> y terminando en e incluyendo <!-- EOF CLEAN --> , use el siguiente comando sed:

sed -i '/<!-- BOF CLEAN -->/,/<!-- EOF CLEAN -->/d' file_name;

Referencia:Eliminar texto o párrafo entre dos secciones usando sed