La compilación y carga de bocetos (a diferencia de las fuentes C/C++) en la línea de comando (en Windows, Mac y Linux) se admite directamente a través de indicadores en el ejecutable de arduino desde 1.5.0.
Un ino se puede compilar y cargar con arduino --upload [sketch.ino]
Documentación
Hay un conjunto de herramientas Arduino de línea de comandos llamado Ino. Simplemente hace eso.