Nohup separará un proceso que ejecute desde su consola actual y lo dejará continuar cuando cierre la terminal. Ejecuta algo como esto.
nohup java -jar my.jar &
De forma predeterminada, canalizará la salida a nohup.out, por lo que si no quiere, puede intentar:
nohup java -jar my.jar > /dev/null &
Debería poder hacer algo como:
nohup java -jar MyApplication.jar &
Este problema no está relacionado con Java, en realidad es algo relacionado con la forma en que opera Linux.
Tienes que hacer lo siguiente:
nohup <your_application_command> &
Tenga en cuenta el "nohup" y "&" al principio y al final respectivamente.