Hay muchas maneras en que se puede lograr. La herramienta que utilice depende principalmente de su propia preferencia o experiencia.
Usando el comando tr:
tr '\n' ',' < somefile
Usando awk:
awk -F'\n' '{if(NR == 1) {printf $0} else {printf ","$0}}' somefile
Usando el comando pegar:
paste -d, -s file
archivo
aaa
bbb
ccc
ddd
argumentos
cat file | xargs
resultado
aaa bbb ccc ddd
xargs mejorado
cat file | xargs | sed -e 's/ /,/g'
resultado
aaa,bbb,ccc,ddd
xargs -a your_file | sed 's/ /,/g'
Este es un camino más corto.