C:el comando de Linux ejecutado por la función popen () no muestra resultados

Dado que la salida va a stderr necesitas redirigir stderr así:

FILE* file = popen("ntpdate 2>&1", "r");

esto redirigirá a stderr a stdout y entonces verá la salida de ambos. Segundo número fscanf se detendrá en el primer espacio para que pueda reemplazarlo con fgets :

fgets(buffer, 100, file);

Como Shafik Yaghmour diagnosticó correctamente, el resultado que ve en ntpdate está escrito (correctamente) en su error estándar, que es el mismo que el error estándar de su programa.

Para obtener los mensajes de error enviados por la tubería, use:

FILE *file = popen("ntpdate 2>&1", "r");

Eso envía la salida de error estándar de ntpdate a la salida estándar del comando, que es la tubería desde la que está leyendo.

Por supuesto, parece usar ntpdate no funcionará bien hasta que haya configurado algo.