Hay un bit "inmutable" para archivos.
Los programas (incluso ejecutándose como root) no podrán manipular el archivo. Por supuesto, root puede deshacer el bit, pero la mayoría de los programas (especialmente los no maliciosos) no lo pasarán.
Configúralo con
sudo chattr +i file
deberías tener permanentes de raíz
sudo chattr +i file