Tuve el mismo problema hoy con JMeter 2.13. Cuando lo guardé usando esta entrada del menú, recibí un archivo jmx que fue aceptado en modo no GUI:
Yo también tuve el mismo mensaje de error. Después de crear el plan de prueba y ejecutar la prueba con éxito en una máquina Windows en modo GUI, cargué el archivo JMX en un servidor Linux para ejecutarlo en modo de línea de comandos.
¡Después de mucho buscar y jugar, descubrí que era porque dejé el nombre del plan de prueba del script en el "Plan de prueba" predeterminado! Cuando lo cambié a "Mi plan de prueba", por ejemplo, luego guardé y cargué en el servidor Linux, funcionó correctamente.