Intenta hacer esto de la manera más sencilla:
cp -a src target
de man cp
-a, --archive
same as -dR --preserve=all
Conserva derechos, enlaces simbólicos...
Aquí probé todo el código en mi Linux. Parece que Rsync propuesto por @seanmcl como el correcto, mientras que otros no lograron mantener a los propietarios y/o algunos archivos especiales o un resultado denegado . El código exacto es:
$ sudo rsync -aczvAXHS --progress /var/www/html /var/www/backup
Solo recuerde usar solo el nombre del directorio y no poner una barra inclinada (/ ) o un comodín (/* ) al final de fuente y objetivo nombre de lo contrario, los archivos ocultos justo debajo de la fuente no se copian.