Cambiar todas las extensiones de archivos en una carpeta usando CLI en Linux

Usa rename :

rename 's/.old$/.new/' *.old

Si tienes el perl rename instalado (hay diferentes rename implementaciones) puede hacer algo como esto:

$ ls -1
test1.foo
test2.foo
test3.foo

$ rename 's/\.foo$/.bar/' *.foo

$ ls -1
test1.bar
test2.bar
test3.bar

Podría usar un ciclo for en la línea de comando:

for foo in *.old; do mv $foo `basename $foo .old`.new; done

esto tomará todos los archivos con extensión .old y los renombrará a .new