Finalmente encontré el problema. Cuando Dbus busca archivos de configuración para perforar permisos (como propiedades), el archivo no solo debe estar en system.d/ sino que también debe terminar en .conf.
Mi archivo de configuración "org.dbus.arduino" debería haber sido "org.dbus.arduino.conf". Eliminé el código de system.conf. Confirmé que ya no tenía permisos, creé un archivo de configuración en "system.d/org.dbus.arduino.conf", obtuve permisos. Luego intenté cambiar el nombre del archivo a solo "org.dbus.arduino" y confirmé que los permisos fueron denegados.