Creo que la opción "Aplicación remota C/C++" utiliza RDT (Herramientas de desarrollo remoto) y RSE (Explorador de sistema remoto) de Eclipse para conectar, cargar, ejecutar y depurar la aplicación. es
Si todo lo que quiere hacer es conectarse a un gdbserver , luego cree una configuración de depuración "C/C++ Adjuntar a la aplicación" y, en la pestaña Depurador, establezca Depurador en gdbserver.