Logré hacer que esto funcione cambiando el almacenamiento de Docker a devicemapper en lugar de AUFS .
Si su sistema no usa Systemd
Solo tienes que cambiar /etc/default/docker tener esto en él:
DOCKER_OPTS="--storage-driver=devicemapper"
Si su sistema usa Systemd
Vea esta respuesta y agregue --storage-driver=devicemapper al final del comando de inicio de la ventana acoplable.
Me las arreglé para que los contenedores funcionaran bien con esto, pero prefiero usar AUFS.
Me di cuenta de que la partición no usaba aufs por defecto, sino algo como caw o cow (no puedo recordar ahora).
También traté de hacerlo funcionar usando AUFS usando el union=aufs marca en grub, pero cuando ejecuto el demonio docker obtengo un FATA[0000] Shutting down daemon due to errors: error intializing graphdriver: backing file system is unsupported for this graph driver , que parece relacionado con https://github.com/docker/docker/issues/7321
Dejaré mi respuesta aquí, ya que es una solución para este problema, pero si alguien logra que esto funcione usando AUFS, sería, en mi opinión, una mejor respuesta.
Quiere decirle al demonio Docker que almacene los datos relacionados con sus contenedores en el almacenamiento persistente.
De forma predeterminada, el demonio docker coloca esos datos en /var/lib/docker . Puedes cambiar esa ubicación con el --graph opción del demonio docker