Parece que su shell Python usa un PYTHONPATH diferente al python que ejecuta en la terminal. Puede verificarlo escribiendo
import sys
print sys.path
en ambas capas y comparando las dos salidas. Supongo que faltan las rutas del módulo instalado en la salida de Python iniciada en la terminal.
puede resolver esto definiendo un PYTHONPATH en su shell:
export PYTHONPATH=...
... significa todas las rutas de salida del shell de python separadas por:
No uses espacios. Si hay espacios en uno de los caminos, rodee... con comillas
export PYTHONPATH="path with spaces:other path:path "
Inicie python desde esa terminal donde ingresó el comando de exportación. Intenta importar tus módulos. Si funciona, haga que la exportación sea permanente agregándola a su .profile ubicado en su directorio de inicio.
ls -a $HOME
muestra el archivo (y muchos otros;-). Es un archivo . Los archivos .están ocultos en un simple ls.