Tuve el mismo problema, probablemente haya instalado numpy sin Anaconda, por lo que hay un conflicto debido a esto, qué numpy usar:el instalado con pip o con conda. Cuando eliminé el numpy que no era de Anaconda, desapareció el error.
pip uninstall numpy
Para usuarios de cython:
Esta publicación fue útil. La publicación explica que hay algún indicador (--with-fpectl), que se establece durante la compilación de cpython o no. Cuando una biblioteca ha sido compilada usando un cpython sin ese indicador, es incompatible con una versión con ese indicador establecido. Este efecto solo aparece cuando usa cython, ya que numpy en sí no usa esta extensión.
Como se indicó más adelante en esa publicación, mi Ubuntu 16.04 se creó con esta bandera y Conda sin ella. Para mí, fue específicamente el módulo hmmlearn lanzando el error de símbolo indefinido. Este debe ser el caso porque fue enviado por Ubuntu con la bandera configurada y no por anaconda. Así que desinstalé hmmlearn y lo instalé manualmente de nuevo desde el código fuente (Anaconda, desafortunadamente, no ofrece hmmlearn). --> ¡Funciona!