Si el método de @randomwalker no funciona para usted, lo cual no sucederá cada vez que su secuencia de comandos se ejecute en un shell más básico como sh, entonces tiene dos opciones.
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Agrega esto a tu script:
eval $(conda shell.bash hook) -
Llama a tu script con:
bash -i <scriptname>para que se ejecute en su entorno interactivo.
Resolví el problema gracias al comentario de @darthbith.
Desde conda es una función bash y las funciones bash no se pueden propagar a shells independientes (por ejemplo, se abren ejecutando un script bash), uno tiene que agregar la línea
source /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh
al script bash antes de llamar a los comandos conda. De lo contrario, bash no sabrá acerca de conda.