Linux tiene algo pero no exactamente lo que quieres, cuando quieras ejecutar el programa GUI como root puedes presionar:
ALT + F2
luego escriba el nombre del programa con el prefijo gksudo
gksudo firefox
puede agregarlo con el botón derecho del mouse escribiendo algún script.
En Gnome, debería poder crear o editar un elemento de menú que apunte a la aplicación que está ejecutando. Prefijelo con gksudo por lo que le solicitará privilegios elevados. Esto le ayudará a escribir en una terminal o un iniciador para iniciar la aplicación.
Si eso no funciona, también puedes hacer esto:
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Cree un nuevo script de shell con el siguiente contenido (organizo mis scripts en un directorio 'bin/' en $HOME):
#!/bin/sh
gksudo (tu comando aquí) -
Cambie los permisos en el script de shell para que sea ejecutable
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Edite el elemento del menú que apunta a la aplicación que desea ejecutar y apúntelo a su script de shell.
Edite el lanzador que abre el programa. Si está usando GNOME, coloque gksudo antes del comando. Si está utilizando KDE, coloque kdesudo antes del comando. Podría escribir un pequeño guión y agregarlo a su menú del botón derecho, si realmente quisiera, pero podría ser más fácil editar el iniciador para que no tenga que hacer clic derecho en él cada vez.