puede usar la geometría de x para establecer esto.
dependiendo de tu versión x puede variar.
la página del manual y debería explicar las opciones de geometría
xterm 80x24+nxn o similar.
En gnome-terminal (ubuntu) la especificación de la geometría es ligeramente diferente:
gnome-terminal --geometry=114x32+0+0
Como siempre, las páginas man son tus amigas:
man gnome-terminal
El título de la pregunta es solo sobre la Terminal, sin embargo, parece que el cuerpo es más general sobre "los programas comienzan en la parte superior izquierda de [... la] pantalla".
Entonces, desde GNOME v3.30 hay una opción visible en GNOME Tweaks, que facilita habilitarlo para todas las ventanas:
"Center New Windows" resaltado">
Simplemente seleccione "Centrar nuevas ventanas" en "Windows".