De acuerdo con http://www.manpagez.com/man/1/unzip/ puede usar el -o opción para sobrescribir archivos:
unzip -o /path/to/archive.zip
Tenga en cuenta que -o , como la mayoría de unzip las opciones de, tiene que ir antes el nombre del archivo.
Si necesita descomprimir para reemplazar solo los archivos nuevos, puede usar
unzip -f archieve.zip
Pero para referencias futuras, simplemente puede escribir
unzip
y obtendrá una lista de los argumentos para este paquete. Los posibles argumentos para este caso son:
-f freshen existing files, create none
-n never overwrite existing files
-q quiet mode (-qq => quieter)
-o overwrite files WITHOUT prompting
Utiliza el que creas más adecuado a tus necesidades.