Tal vez haya creado accesos directos mediante algún menú/editor de accesos directos, en mi caso es alacarte . Descubrí que cuando elimino accesos directos del menú por alacarte, no elimina el archivo .desktop en ~/.local/share/applications/ pero solo establece la bandera hidden=True que gnome-do de alguna manera no reconoce esto, por lo que aún muestra ese acceso directo. Así que asegúrate de que .desktop el archivo se eliminó junto con la eliminación de ~/.local/share/gnome-do/ directorio
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