¿Cómo reproducir dos o más videos uno al lado del otro de manera sincronizada en Linux?

Describiendo las soluciones de Florian:

Si quieres reproducir 3 videos:

1) hacer 3 tubos

$ mkfifo cmds1 cmds2 cmds3

2) ejecuta 3 mplayers leyendo comandos desde pipes

$ mplayer -slave -input file=cmds1 -quiet file1.mp4
$ mplayer -slave -input file=cmds2 -quiet file2.mp4
$ mplayer -slave -input file=cmds3 -quiet file3.mp4

3) usa tee para escribir en las tuberías simultáneamente.

$ tee cmds1 cmds2 > cmds3

4) ahora ingresa comandos como pause , ...

http://www.mplayerhq.hu/DOCS/tech/slave.txt

Tal vez se podría hacer escribiendo una interfaz simple que maneje dos instancias de MPlayer en modo esclavo, vea -slave en la página de manual de mplayer