Una forma de hacerlo es usar xdotool, por ejemplo, desde la línea de comandos:
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
Esto busca ventanas abiertas que contengan el nombre "Nombre antiguo" y cambia su nombre a "Nombre nuevo". También busca por clase de ventana, PID y una variedad de otras cosas. Consulte la página de manual de xdotool.
Probablemente hay otras formas de configurar lo mismo automáticamente cuando el programa se inicia dependiendo del programa, y si usa Qt, GTK o qué.
Si la ventana en cuestión es un xterm, puede usar una secuencia de escape mágica:
echo "^[]0;New name^G"
donde ^[ es el carácter de escape y ^G es control-G.
Si la ventana es Gnome Terminal, puede usar el elemento de menú "Terminal|Establecer título".
Otra forma de escribirlo es
echo "\033]0;New name\007"