Tuve el mismo problema y ninguna de las respuestas anteriores ayudó. En mi caso, podría iniciar sesión como root, sudo funcionó, pero no su .
Resultó que /bin/su de alguna manera había perdido el permiso de suid.
Lo corregí con chmod u+s /bin/su , y luego su funcionó de nuevo.
Probablemente haya bloqueado al usuario raíz con demasiadas autenticaciones incorrectas. Prueba
usermod -U root
para desbloquear la cuenta.