Cuando inicia el servidor MySQL, puede especificar --datadir, por lo que probablemente podría escribir algo para que MySQL use los datos en la memoria USB.
Si está haciendo algún tipo de desarrollo ligero de esta manera, le recomiendo que use sqlite en lugar de mysql. Simplemente puede copiar el archivo y no preocuparse por la base de datos. SI tiene una capa de abstracción de base de datos, esto se puede hacer con bastante facilidad.