Para convertir de Shift JIS a UTF-8 en Linux, simplemente haga lo siguiente:
iconv -f SHIFT-JIS -t UTF-8 <infile> > <outfile>
y para ir hacia el otro lado, simplemente invierta los argumentos:
iconv -f UTF-8 -t SHIFT-JIS <infile> > <outfile>
No conozco OSX, pero es posible que tenga el iconv
comando también, en cuyo caso algo similar debería funcionar.