Pruebe msiextract, https://live.gnome.org/msitools
¡Y abre errores!
Si bien no lo ayudará de inmediato, lessmsi está trabajando en una versión nativa de Linux. Conserva la estructura de directorios como desea, por lo que vale la pena verificar si esto va a ser un problema a largo plazo para usted. Desafortunadamente, la compatibilidad con .msi en Linux parece bastante escasa, por lo que lessmsi o msiexec a través de wine podrían ser su única opción inmediata, incluso si (como dijo) wine es una dependencia bastante fuerte para extraer archivos.