Me doy cuenta de que esto no es exactamente una "GUI", pero no dijiste nada por qué eso es un requisito, y hay ya escritos herramientas de línea de comandos que hacen esto; p.ej. perl-rename :
find ~/dir -type f -exec prename -n 's/^(\d\d)(\d\d)(\d\d)(.*)$/$3$1$2$4/' {} +
(-n activa el modo "prueba". Cuando esté satisfecho con el resultado, vuelva a ejecutar con -v o sin opciones en su lugar.)
Algunas buenas herramientas GUI para renombrar archivos son
- KRename para el entorno de escritorio KDE (personalmente prefiero este porque soy usuario de KDE);
- GPRename y pyRenamer para Gnome.