Como root, ejecute dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=512 count=1
Luego puede agregar una tabla de particiones (fdisk /dev/sdX y presiona o , o puede usar una de las herramientas gráficas como gparted) y una nueva partición NTFS.
Desde Fedora, instale GParted desde el administrador de paquetes de Fedora. Desmonte la unidad USB de arranque. Abra GParted y busque la unidad USB en la lista de unidades del menú (vea el cursor del mouse en la captura de pantalla a continuación).
En el menú GParted, seleccione:Partición -> Administrar banderas . Desde Administrar marcas en... ventana desmarque arranque (ver captura de pantalla a continuación).
En el menú GParted, seleccione Partición -> Formatear a -> NTFS.
Puede lograr esto con una herramienta de sistema simple como diskpart de Windows.
1) Abra el menú Inicio y escriba "diskpart" en el cuadro de ejecución.
2) Escriba "disco de lista". 
3)“seleccione disco #” donde # es el número de disco de su memoria USB.
4)ahora ingrese el comando "limpiar todo"
El comando "limpiar" pone a cero los sectores del disco que contienen los datos de la partición. El comando "limpiar todo" pone a cero todos los datos en la memoria USB.
Ahora puede formatearlo desde el menú contextual como de costumbre.
(ya que mencionó NTFS, espero que tenga acceso a un sistema de Windows)
Para llenar el disco a cero desde Linux, puede usar dd. Para borrar un disco escribiendo ceros:
dd if=/dev/cero of=/dev/sda bs=4k conv=notrunc
donde /dev/sda con su dispositivo.