Prueba lo siguiente:
./program_dumping_numbers | gnuplot -p -e 'plot "/dev/stdin" using 0:1 with lines'
donde 0 es el número de línea virtual, 1 es el número de columna, "con líneas" significa que continúa la línea en lugar de solo puntos
Recomiendo encarecidamente ttyplot, puede crear gráficos en vivo directamente en la terminal, leyendo datos de STDIN