Está Clonezilla, una pequeña distribución en vivo de Linux que está haciendo exactamente esta tarea:
Alguien lo explicó en esta respuesta en AskUbuntu:
Pasos:
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Descarga Clonezilla desde http://clonezilla.org/downloads/download.php?branch=stable (descarga la ISO)
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Descargue Live Linux USB Creator (Lili) desde http://www.linuxliveusb.com/en/download
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Cree un Clonezilla de arranque (Live Clonezilla) en USB ejecutando Live Linux USB Creator.
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Configure su computadora de escritorio/portátil Source para que arranque desde una unidad USB
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Inserte ambos, el disco duro externo de destino o la unidad flash USB de destino en 1 ranura USB y la unidad USB Clonezilla Live en otra ranura y arranque.
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Clonezilla tardará un tiempo en leer la información de la partición. Cuando aparezca la interfaz de usuario de Clonezilla, seleccione las entradas del menú predeterminadas.
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[Con precaución] seleccione la información de la partición de origen y la información de la partición de destino. Cabe señalar que Clonezilla requerirá espacio en la unidad flash USB de destino o en un disco duro externo que sea equivalente al disco duro de origen y borrará todos los datos de la unidad flash USB de destino. / disco duro externo.
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Una vez que se selecciona todo, Clonezilla creará un sistema operativo en vivo en la unidad de destino/unidad flash
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Pruebe el sistema operativo clonado quitando la unidad USB Clonezilla Live y arrancando desde el sistema operativo Live que se ha clonado en la unidad externa / unidad flash USB de destino.