A continuación se describen algunas posibilidades.
Cifrado LUKS en Windows
Puede usar el cifrado de disco LinuxLUKS también desde Windows. Para permitir que Windows funcione con LUKS, use LibreCrypt. Este proyecto aún se mantiene, aunque el autor está pensando en reescribirlo para resolver algunos problemas de seguridad.
Cifrado de Bitlocker en Linux
El proyecto que habilita Bitlocker sin TPM en Linux escryptsetup, que ahora tiene soporte inicial para Bitlocker. Obtenga más información al respecto en el artículo Herramienta de cifrado para Windows y Linux.
CipherShed:otra bifurcación de TrueCrypt
El proyecto de código abiertoCipherSheestá disponible para Windows, Mac OS X y GNU/Linux. Como los paquetes para OS X y Linux aún no existen, se requiere compilar desde la fuente para esas plataformas.
Cryptomator - alternativa en la nube
El criptográfico de código abierto es una herramienta para cifrar datos almacenados en proveedores de la nube, como alternativa a los discos USB. Disponible para Windows, macOS, Linux, Android e iOS.
Usa Veracrypt. Su desarrollo es constante, de altísima calidad y multiplataforma.
Aquí hay un artículo de 2016 que describe cómo cifrar una unidad flash. Será el mismo proceso para un disco duro externo. Disfrute.https://www.esecurityplanet.com/open-source-security/how-to-encrypt-flash-drive-using-veracrypt.html
Fuera de la caja, no.
Bitlocker es una opción, pero solo está disponible en las ediciones Pro de Windows y la compatibilidad con Linux no ha demostrado ser confiable, como habrá notado. En mi experiencia, Dislocker funciona bien, pero tenga en cuenta que la última versión oficial no es compatible con el cifrado más nuevo y más fuerte de Bitlocker agregado en versiones recientes (¿190x?) de Windows 10. El soporte se agregó en master rama, pero aún no se ha lanzado.
Considere Truecrypt o Veracrypt. Son soluciones de cifrado de terceros nativas de Windows (VC es una bifurcación de TC) con buen soporte de Linux:los puertos oficiales de Linux están disponibles, pero también hay soporte de cryptsetup que es la herramienta de cifrado de disco estándar de facto de Linux.