¿Cómo usar / (separador de directorio) tanto en Linux como en Windows en Python?

Usar:

import os
print os.sep

para ver cómo se ve el separador en un sistema operativo actual.
En tu código puedes usar:

import os
path = os.path.join('folder_name', 'file_name')

Puede utilizar os.sep:

>>> import os
>>> os.sep
'/'

Usa os.path.join() .Ejemplo:os.path.join(pathfile,"output","log.txt") .

En tu código sería:rootTree.write(os.path.join(pathfile,"output","log.txt"))