ntfsclone es increíble. Lo he usado con gran éxito para clonar sistemas y para realizar copias de seguridad.
Si su partición de Windows no usa NTFS, dd debería encargarse de usted, aunque no es terriblemente eficiente.
dd parece ser la opción preferida aquí. El comando sería similar al siguiente... reemplace el dispositivo y el archivo de salida con lo que desee.
dd if=/dev/sda1 of=~/windows.img
También hay partimage y ghost4linux. Pero para algo como esto, ambos pueden ser excesivos y complicar demasiado las cosas.
Imagen parcial
Definitivamente una buena opción http://www.partimage.org/Main_Page. Puede crear una imagen y comprimirla para ahorrar espacio en disco, y se pueden dividir en varios archivos para copiarlos en CD/DVD. Las particiones también se pueden guardar en toda la red.