En primer lugar, si va a seguir ejecutando binarios de 32 bits, en realidad no cambiará la arquitectura del procesador:seguirá ejecutando un procesador x86, incluso si también es capaz de hacer otras cosas. En ese caso, recomiendo clonar su instalación o simplemente mover el disco duro, como se describe en Mover la instalación de Linux a una computadora nueva.
Por otro lado, si desea tener un sistema de 64 bits (en términos de Ubuntu:un amd64 arquitectura), necesita reinstalar, porque no puede instalar amd64 paquetes en un i386 sistema o viceversa. (Esto cambiará cuando aparezca Multiarch).
Muchas personalizaciones viven en su directorio de inicio y puede copiarlas en la nueva máquina. La configuración del sistema no se puede copiar tan fácilmente debido al cambio en la arquitectura del procesador.
En Ubuntu 10.10 y superior, pruebe OneConf.
OneConf es un mecanismo para registrar información de software en Ubuntu One y sincronizar con otras computadoras según sea necesario. En Maverick, se almacena la lista de software instalado. Eventualmente, esto puede expandirse para incluir algunas configuraciones de la aplicación y el estado de la aplicación. Otras herramientas como Stipple pueden proporcionar configuraciones/controles más avanzados.
Una de las principales cosas que querrá reproducir en la nueva instalación es el conjunto de paquetes instalados. En distribuciones basadas en APT, puede usar el aptitude-create-state-bundle comando (parte del aptitude paquete) para crear un archivo que contenga la lista de paquetes instalados y su configuración de debconf, y aptitude-run-state-bundle en la nueva máquina. (Gracias a intuido por hablarme de aptitude-create-state-bundle .) Consulte también la lista de paquetes instalados explícitamente de Ubuntu y las preguntas de Superusuario y Preguntar a Ubuntu citadas allí, especialmente la respuesta de Telemachus, sobre cómo hacer esta parte manualmente.
Por cosas que has cambiado en /etc , deberá revisarlos. Muchos tienen que ver con el hardware específico o la configuración de la red y no deben copiarse. Otros tienen que ver con preferencias personales, pero debe establecer preferencias personales por usuario siempre que sea posible, de modo que la configuración se guarde en su directorio de inicio.
Si planea con anticipación, puede usar etckeeper 
poner /etc bajo el control de versiones (inicio rápido de etckeeper). No necesita saber nada sobre el control de versiones para usar etckeeper, solo necesita comenzar a aprender si quiere aprovecharlo para hacer cosas sofisticadas.
A continuación, le mostramos cómo obtener todo, excepto lo que configuró manualmente:
dpkg --get-selections > packages.txt
debconf-get-selections > debconf.txt
Edite estos archivos según sea necesario para cualquier cosa que dependa de la arquitectura (p. ej., imagen de Linux), pero no creo que haya mucho.
Copie estos archivos en el nuevo sistema y luego ejecute:
debconf-set-selections < debconf.txt
dpkg --set-selections < packages.txt
apt-get dselect-upgrade
También querrá copiar (preferiblemente con rsync) /home y cualquier otro directorio de datos al nuevo sistema.
Lo único que quedará serán los archivos de configuración de los paquetes principales (por ejemplo, apache, bind, cronjobs, et al.).