Puedes usar:
sed -e '/^;/d' php.ini
No necesita canalizar un archivo a través de grep, grep toma los nombres de archivo como argumentos de línea de comando.
grep -v '^#' file1 file2 file3
imprimirá todas las líneas EXCEPTO aquellas que comienzan con un carácter #. Puede cambiar el carácter del comentario a lo que desee.
Si tiene más de un carácter de comentario (suponiendo que esté al principio de una línea)
egrep -v '^(;
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