Ya que has copiado los archivos usando rsync y luego comparó los dos conjuntos de archivos usando diff , y desde diff no informa ninguna diferencia, los dos conjuntos de archivos son idénticos.
La diferencia de tamaño probablemente pueda explicarse por los tamaños de los nodos de directorio reales dentro de las dos estructuras de directorio. En algunos sistemas de archivos, el directorio no se trunca si se elimina un archivo o subdirectorio, lo que deja un nodo de directorio que es un poco más grande de lo que realmente se necesita.
Si, en algún momento, mantuvo muchos archivos que luego se eliminaron, esto podría haber dejado grandes nodos de directorio.
Ejemplo:
$ mkdir dir
$ ls -ld dir
drwxr-xr-x 2 kk wheel 512 May 11 17:09 dir
$ touch dir/file-{1..1000}
$ ls -ld dir
drwxr-xr-x 2 kk wheel 20480 May 11 17:09 dir
$ rm dir/*
$ ls -ld dir
drwxr-xr-x 2 kk wheel 20480 May 11 17:09 dir
$ du -h .
20.0K ./dir
42.0K .
$ ls -R
dir
./dir:
Observe cómo, aunque eliminé los 1000 archivos que creé, el dir el directorio todavía usa 20 KB.