Simplemente alterar la configuración de lower_case_table_names no es suficiente. Debe hacerse antes de importar su(s) base(s) de datos.
La documentación de MySQL 5.1 enumera un procedimiento para moverse entre Windows y Linux/UNIX. Esto asegurará que se sigan las reglas deseadas para hacer cumplir la distinción entre mayúsculas y minúsculas. Echa un vistazo y verifica que hayas realizado estos pasos en el orden correcto:
Para convertir una o más bases de datos completas, descárguelas antes de configurar los nombres de las tablas en minúsculas, luego suelte las bases de datos y vuelva a cargarlas después de configurar los nombres de las tablas en minúsculas:
1 - Use mysqldump para volcar cada base de datos:
mysqldump --bases de datos db1> db1.sql
mysqldump --bases de datos db2>db2.sql
... Haga esto para cada base de datos que deba volver a crearse.
2 - Utilice DROP DATABASE para descartar cada base de datos.
3 - Detenga el servidor, configure lower_case_table_names en el [mysqld] sección de tu \etc\mysql\my.cnf y reinicie el servidor.
4 - Vuelva a cargar el archivo de volcado para cada base de datos. Debido a que lower_case_table_name está configurado, cada base de datos y nombre de tabla se convertirán a minúsculas a medida que se recrean:
mysql
mysql