Hay QtADB que usa adb.
También puede instalar un servidor SSH o ftp en el teléfono y luego usar Nautilus con ssh://ip-o-nombre-de-su-teléfono/ o ftp://ip-o-nombre-de-su-teléfono/ URL (puede crear marcadores en Nautilus). Lo bueno de un servidor SSH o ftp estándar en su teléfono es que no tiene que instalar nada especial en la computadora.
Uso QuickSSHd en el teléfono, pero también hay otros servidores SSH disponibles (busque en el mercado, por favor).
Los servidores FTP que conozco son SwiFTP y FTPServer. Todavía no los probé con Nautilus, pero deberían funcionar.
Si instala Eclipse con el SDK de Android, hay una perspectiva llamada DDMS que incluye un explorador de archivos. Puede copiar fácilmente archivos desde/hacia el dispositivo con esta herramienta, que utiliza adb push/pull en segundo plano.
Otra forma es simplemente desmontar la tarjeta SD del teléfono y usarla como almacenamiento masivo. Pero en este modo solo puede acceder a la tarjeta SD y el modo de depuración debe estar desactivado, lo que puede resultar molesto si necesita que el dispositivo permanezca en modo de depuración para el desarrollo.