Solución 1:
Reprepro no puede contener dos versiones de un paquete en la misma distribución.
Consulte la respuesta a la pregunta 3.1 aquí:https://web.archive.org/web/20120103201823/http://anonscm.debian.org/gitweb/?p=mirrorer/reprepro.git;a=blob_plain;f=docs/ Preguntas Frecuentes;hb=HEAD
Solución 2:
Cuando construya su dpkg, debe incrementar la versión del paquete como se indica aquí.
El número de revisión de Debian (el -xxx al final de los paquetes) es el que debe incrementar.