Solución 1:
El software debe definir qué directorios necesita en /run (que reemplazó a /var/run en Fedora 15) colocando un archivo de configuración en /usr/lib/tmpfiles.d . Durante el proceso de arranque, systemd-tmpfiles completa /run basado en esa configuración.
Solución 2:
/var/run generalmente se monta como tmpfs , que es una partición asignada a su RAM. Obviamente, la RAM se borra al reiniciar, al igual que todos los sistemas de archivos tmpfs.
http://fedoraproject.org/wiki/Features/var-run-tmpfs
Debería considerar almacenar los datos de su aplicación en un sistema de archivos persistente, p. montado en un disco duro.