No estoy seguro de lo que está disponible para R (escuché sobre REnv), pero para Python me decidí por el enfoque pragmático de que cada usuario es responsable de su propio entorno de Python con pyenv (lo mismo es cierto para Perl con perlbrew y Rubí con RVM ). De esa manera, los usuarios pueden crear su propio entorno óptimo para cada proyecto sin mi ayuda (pyenv administra las instalaciones de Python y luego puede usar pip para instalar módulos locales para esa instalación específica de Python).
Los paquetes del sistema solo se utilizan para las necesidades del sistema.