Acabo de escribir una guía para hacer que copiar y pegar funcione entre OS X y Ubuntu en VirtualBox, ya que me había estado frustrando. Tal vez de ayuda para alguien que se encuentre con esta pregunta:
http://blog.nostopbutton.com/2013/08/24/instalar-copiar-y-pegar-entre-os-x-y-linux-virtualbox/
Acabo de tener el mismo problema. Después de asegurarse de que Compartir portapapeles esté activado, presione Ctrl+Shift+V para pegar en la terminal en Debian.
A veces, es más fácil abrir una terminal en la Mac y luego SSH al invitado de VirtualBox. Eso evita muchas molestias de cambiar el enfoque, etc.