La solución es cambiar el espejo en el archivo source.list. Por alguna razón, el espejo predeterminado no funciona.
Hay varios espejos del servidor del repositorio Kali Linux, todos los cuales están repartidos por todo el mundo. Cada vez que interactúa con el repositorio, de forma predeterminada, utilizará automáticamente el espejo más cercano a usted en función de su ubicación geoip (la idea es, esto le dará la mejor velocidad debido a la menor latencia).
Sin embargo, puede forzar manualmente a Kali a usar un espejo determinado/diferente en lugar del más cercano a usted.
Vaya a http://http.kali.org/README.mirrorlist donde tendrá una lista de espejos para elegir.
Primero haga una copia de seguridad de su archivo fuente actual
mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup
Luego crea un nuevo archivo source.list
vim /etc/apt/sources.list
e ingrese nuevo espejo.
Por ejemplo,
el antiguo archivo source.list era
deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
El nuevo archivo sources.list puede ser
deb http://archive-2.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
Aquí tienes que jugar un poco para encontrar el espejo que funcione para ti.
Luego en tipo de terminal:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt dist-upgrade