Primero, en la carpeta de clones, puede crear una Rama (para que el maestro permanezca intacto)
git branch [branch_name]
Después, simplemente copie los archivos que desee de su carpeta anterior a la carpeta de clonación.
Cuando haya terminado, simplemente agregue / confirme su cambio y fusione su rama en la rama "maestra". Se verá algo como esto:
git add .
git commit -m "Comments"
git checkout master
git merge [new_branch]
Prueba este tutorial de GitHub.
Para agregar algunos archivos o carpetas a su repositorio, deben estar en la carpeta que creó con git clone . Así que copia/pega tu aplicación en tu carpeta local de git y luego entra y haz git add * y luego podrá comprometerse con el servidor con git commit -m 'message' y finalmente envíe los cambios al servidor con git push
Tendrás que mover todos los archivos de /var/www/myapp a /home/mylogin/gitclone y luego hacer un git add . y luego git commit -m "Your message" .
Cuando actualicé a la versión 2.12.2 de git, apareció ese error, noté que agregué el archivo con una ruta completa como:
git add c:\develop\project\file.text
cuando se elimina la ruta completa, comienza a funcionar, como:
git add file.text