También puede usar GraphicsMagick, una bifurcación más ligera y rápida de ImageMagick:
gm convert image1.png image2.png -append combined.png
Una comparación de tiempo simple de fusionar 12 imágenes:
time convert image{1..12}.jpg -append test.jpg
real 0m3.178s
user 0m3.850s
sys 0m0.376s
time gm convert image{1..12}.jpg -append test.jpg
real 0m1.912s
user 0m2.198s
sys 0m0.766s
GraphicsMagick es casi el doble de rápido que ImageMagick.
También puede probar ImageMagic, que es excelente para crear sprites CSS. Algún tutorial al respecto aquí.
Ejemplo (sprite vertical):
convert image1.png image2.png image3.png -append result/result-sprite.png
Ejemplo (sprite horizontal):
convert image1.png image2.png image3.png +append result/result-sprite.png